これまで、季節性インフルエンザについては、てんかん、脳炎、脳症、ライ症候群といった神経系の合併症を起こした症例が報告されていたが、新型インフルエンザについてはその様な事例はなかった。
しかし、2009年5月28日、ダラス郡保健福祉省(DCHHS)は、テキサス州ダラス郡で5月18日から28日の間に4人の子供が新型インフルエンザA(H1N1)による神経系の合併症を発症したことをCDCへ報告した。
インフルエンザの症状を示す7歳から17歳の子供4人は、痙攣や錯乱といった症状を併発し入院。このうち3人は脳波に異常が見られた。現在この4人は、オセルタミビルやリマンタジンの投与を受け、回復している。
医師は、インフルエンザの症状がある上に原因不明の痙攣や意識障害を示している子供については、季節性インフルエンザもしくは新型インフルエンザA(H1N1)である可能性が高いことを考慮し、適切な検査を行うため呼吸器からの検体を検査機関へ送り、また、特に入院している患者については経験的な抗ウイルス薬治療を速やかに行うべきである。