CDCはWHOや国内衛生当局と協力してインフルエンザの動向とその抗原的変化について調査を行っている。10月4日から11月7日にかけて、合衆国内のインフルエンザ流行の程度は低くかったが、ニューヨークにおいてA型インフルエンザの流行が見られた。

この期間検査された3394株の呼吸器ウイルスのうち、16株がA型インフルエンザウイルス、2株がB型インフルエンザウイルスであった。抗原型はそれぞれ1998-9年ワクチンに含まれているA/Sydney/05/97(H3N2)およびB/Beijing/184/93に関連していた。

ニューヨークの3つの介護施設でA型インフルエンザが流行した。